Quando usamos a palavra ayllu nos dias atuais, logo pensamos num povoado ou mais propriamente num território demarcado. No século XVI, o ayllu representava a forma de organização de uma população que vivia dispersa e cuja identidade se dava pelos laços de parentesco.

Depois de analisar as crônicas quinhentistas, pudemos perceber que o mundo andino deve ser analisado em dois momentos importantes, antes e durante as instalações das reduções toledanas, ocorridas entre as décadas de 1560 e 1570. Num primeiro momento, o ayllu era o símbolo da união de uma família extensa; já durante as reduções, os nativos foram reagrupados em assentamentos para servirem de mão de obra de fácil acesso e controle. Não foram poucos os casos em que diferentes ayllus terminaram unidos em uma única redução, o que gerou sérios problemas.
Quando demos início ao estudo do ayllu, tomamos por base analisar o conteúdo de seis crônicas do século XVI. Para conseguirmos tal material de pesquisa, fomos ao Peru coletar dados e adquirir bibliografia especializada, já que não dispúnhamos de material no Brasil. Optamos por analisar as crônicas espanholas de Cieza de León (1991), Juan de Matienzo (1967) e José de Acosta (1954), e as crônicas indígenas de Garcilaso de la Vega (1991), Joan Santa Cruz Pachacuti Yamqui Salcamaygua (1993) e Guaman Poma de Ayala (1993). De acordo com nossas pesquisas, pudemos constatar que os cronistas espanhóis identificavam o ayllu com genealogia, linhagem e território, e que das propostas de reagrupamento indígena de Matienzo surgiu a identificação de ayllu, redução e comunidade, pois não era mais o sistema de parentesco que interessava, e sim o aldeamento dos índios. Nas crônicas indígenas, encontramos categorias europeias mescladas a padrões culturais andinos, porém os três cronistas interpretaram consensualmente o ayllu, mostrando ser uma estrutura baseada em laços de parentesco de grande importância para a organização do Estado inca.
Como nosso intuito na primeira etapa da pesquisa foi trabalhar o conceito de ayllu e não a sua representação, como passamos a fazer posteriormente e cujo resultado aqui apresentaremos, lançamos mão de estudos contemporâneos sobre essa estrutura que mostravam ser a comunidade indígena atual um fruto da colonização, levando-nos a comprovar que a transformação do conceito de ayllu teria ocorrido no período colonial, tendo como principal fonte a concepção de redução de Matienzo. Naquele primeiro momento, queríamos encontrar uma acepção dessa estrutura, mas o resultado não foi o esperado, pois percebemos que as crônicas apenas nos forneciam pistas, imagens e representações do ayllu, e não um conceito formal.