O foco desta publicação, é a História do Café. Para tanto, pesou não apenas sua localização e época, mas, também, pelas relações familiares.
Sua mãe, Cristina, fora filha do Barão e da Baronesa de Vassouras, o que ligava Afonso aos Teixeira Leite, uma das mais poderosas famílias cafeicultoras do Império.

Ele próprio, por sua vez, casou-se em 1907 com Sara de Sousa Queirós, de família tradicional da cafeicultura de São Paulo. O café e a vida de Afonso Taunay estavam, portanto, intimamente ligados.
Foi na década de 1920, durante as comemorações do bicentenário da introdução do café no Brasil, que o então diretor do Departamento Nacional do Café, Armando Vidal, pediu a Taunay para escrevesse uma história do café no país.
Atendendo ao pedido, Taunay publicou em 1934 um pequeno livro chamado A propagação da cultura cafeeira, a que se seguiu a publicação, em 15 volumes, entre 1939 e 1943, da História do Café no Brasil. Seguiu-se, por fim, a Pequena História do Café no Brasil, obra desta coleção, que é uma síntese do conjunto maior.
Podemos resumir as preocupações de Taunay da seguinte forma: vencer o obstáculo da produção de uma história econômica no Brasil, cuja documentação, em sua maioria, era vista como espalhada, fragmentada e desprezada.
Para Taunay, a produção historiográfica brasileira, até então muito preocupada com fatos da política e do elogio de governos, deitava pouca tradição na história verdadeiramente econômica e social.
A Pequena História do Café é uma tentativa de ocupar um pouco esse espaço. Para tanto, há diversas tabelas, e conexões entre os preços e a produção do café e o mercado internacional, análise de relatórios de ministros e percepções de instituições dos fazendeiros, como o Congresso Agrícola etc.
A influência dessa perspectiva pode ser conferida na profusão de obras de história econômica que dominaria a produção de paulista, especialmente da Universidade de São Paulo, até meados do século XX.
Taunay, aliás, foi quem inaugurou, em 1934, a área de História da Civilização Brasileira da USP, tendo ali lecionado até 1937, quando um impedimento da Constituição, proibindo-o de ter dois cargos públicos, obrigou-o a escolher entre a universidade e o Museu, tendo Afonso preferido o Museu.
Sua influência, porém, permaneceu até sua morte, em 1958, até hoje sendo ele considerado um dos principais historiadores da primeira metade do século XX no Brasil.