Com relação às suas origens e características, o desenvolvimento do sistema de educação superior, no Brasil, pode ser considerado um caso atípico no contexto latino-americano.

Desde o século XVI, os espanhóis fundaram universidades em suas possessões na América, as quais eram instituições religiosas, que recebiam a autorização do Sumo Pontífice, através de Bula Papal. O Brasil Colônia, por sua vez, não criou instituições de ensino superior em seu território até início do século XIX, ou seja, quase três séculos mais tarde.
Para graduarem-se, os estudantes da elite colonial portuguesa, considerados portugueses nascidos no Brasil, tinham de se deslocar até a metrópole. Na Colônia, o ensino formal esteve a cargo da Companhia de Jesus: os jesuítas dedicavam-se desde a cristianização dos indígenas organizados em aldeamentos, até a formação do clero, em seminários teológicos e a educação dos filhos da classe dominante nos colégios reais.
Nesses últimos, era oferecida uma educação medieval latina com elementos de grego, a qual preparava seus estudantes, por meio dos estudos menores, afim de poderem freqüentar a Universidade de Coimbra, em Portugal.
Essa universidade, confiada à Ordem Jesuítica, no século XVI, tinha, como uma de suas missões, a unificação cultural do Império português. Dentro do espírito da Contra-Reforma, ela acolhia os filhos da elite portuguesa que nasciam nas colônias, visando a desenvolver uma homogeneidade cultural avessa a questionamentos à fé Católica e à superioridade da Metrópole em relação à Colônia. A Universidade de Coimbra, no dizer de Anísio Teixeira, foi a "primeira universidade": nela se graduaram, em Teologia, Direito Canònico, Direito Civil, Medicina e Filosofia, durante os primeiros três séculos de nossa história, mais de 2.500 jovens nascidos no Brasil.
Em 1808, a Família Real Portuguesa fugiu de Lisboa rumo ao Brasil, para escapar das tropas napoleônicas que haviam invadido Portugal. Quando chegou na Bahia, Dom João VI, então Príncipe Regente, recebeu a solicitação dos comerciantes locais no sentido de ser criada uma universidade no Brasil; para tanto, dispunham-se a colaborar com uma significativa ajuda financeira. Em vez de universidade, Salvador passou a sediar o Curso de Cirurgia, Anatomia e Obstetrícia. com a transferência da Corte para o Rio de Janeiro, foram criados, nessa cidade, uma Escola de Cirurgia, além de Academias Militares e a Escola de Belas Artes, bem como o Museu Nacional, a Biblioteca Nacional e o Jardim Botânico.