Na sessão do dia 24 de agosto de 1839 o recém-fundado Instituto Histórico e Geographico Brazileiro sorteou para discussão, entre seus sócios, a seguinte questão: “Qual seria hoje o melhor systema de colonizar os Indios entranhados em nossos sertões

; se conviria seguir o systema dos Jesuitas, fundado principalmente da propagação do Christianismo, ou se outro do qual se esperem melhores resultados do que os actuaes”. A questão levantada pelo IHGB evoca uma contraposição fundamental entre os métodos de colonização vigentes no século XIX e o “sistema dos jesuítas”, ou seja, o modelo de catequese e colonização desenvolvido pelos missionários da Companhia de Jesus no Brasil a partir de meados do século XVI até a primeira metade do XVIII.
A Companhia de Jesus foi criada em 1540 e seus religiosos desembarcaram no Brasil em 1549, acompanhando a comitiva do primeiro governador geral da colônia, Tomé de Souza. Eles adotaram diferentes métodos de catequese visando converter a população nativa ao cristianismo, mas a verdadeira base do seu sistema missionário durante o período colonial foi o aldeamento, ou seja, a reunião dos índios em povoações nas quais se buscava imprimir uma rotina de ensino da doutrina e transmissão do modo de vida cristão.
A catequese nesses espaços permitia a inserção dos missionários na vida comunitária e no cotidiano indígena, fazendo-os assumir funções de párocos, juízes e administradores, como resume o historiador da Companhia de Jesus no Brasil, Serafim Leite. Os jesuítas assumiram tanto a jurisdição “espiritual” quanto a “civil” sobre os índios, atuando como “diretores” ou “administradores” das aldeias. Oficialmente, tais atribuições lhes foram concedidas e revogadas diversas vezes, no entanto, na prática, nunca deixaram de ser exercidas.
Os religiosos da Companhia de Jesus não foram os únicos que exerceram a administração temporal e espiritual das aldeias no período colonial. Na Bahia, capuchinhos, franciscanos e carmelitas da observância e reformados, além do próprio clero secular, tiveram aldeias sob sua administração, como atesta o cronista José Antônio Caldas, em 17593. No entanto, os religiosos inacianos destacaram-se dos demais por terem sido os primeiros que se dedicaram a esta atividade, reunirem um número maior de religiosos em muitas regiões e por se pronunciarem publicamente em defesa dos aldeamentos e da jurisdição dos religiosos sobre os índios em diversas ocasiões perante os colonos, as autoridades civis e eclesiásticas e os próprios monarcas. Esses aspectos, entre outros, justificam a maior ênfase dada a esses religiosos na elaboração deste livro.