O ensino religioso se constitui como um importante campo de atuação da inserção da área Ciências da Religião e Teologia na educação básica.
Tornada autônoma a partir da extinção da antiga área de Filosofia/Teologia na CAPES, a nova área de avaliação do Sistema Nacional de Pós-graduação (SNPG), reúne atualmente vinte e um Programas de Pós-graduação (PPG). A área conta com nove PPGs em Teologia, dois PPGs em Ciência da Religião, dois PPGs em Ciências das Religiões e oito PPGs em Ciências da Religião.

A Área Ciências da Religião e Teologia se subdivide em oito subáreas, a saber: Ciência da religião aplicada; Ciências da linguagem religiosa; Ciências empíricas da religião; Epistemologia das ciências da religião; História das teologias e religiões; Teologia fundamental-sistemática; Teologia prática; Tradições e escrituras sagradas.
Estas oito subáreas, aprovadas em assembleia da Associação Nacional de Pesquisa e Pós-graduação em Teologia e Ciências da Religião (ANPTECRE), ocorrida em maio de 2012, vêm sendo pouco a pouco implantadas como ramos da nova árvore do conhecimento da área de Ciências da Religião e Teologia.
Implantada pelo CNPq, a nova árvore consta do documento de área de Ciências da Religião e Teologia na CAPES e serve como uma orientação para os programas de pós-graduação do campo dos estudos da religião no país.
Em particular, o tema correlato ao debate sobre educação e religião, está alocado na subárea de Ciência da religião aplicada.
Cabe notar que uma subárea como esta, entre outras, pode atender a profissionais e pesquisadores com formação em teologia ou em ciências da religião, tal como reza o espírito da nova árvore do conhecimento.
A área não reconhece outra modalidade de ensino religioso que o de uma abordagem não confessional. Não obstante a equivocada decisão judicial recentemente proferida pela mais alta corte do poder judiciário, a qualificação de pessoal docente em nível pós-graduado na área Ciências da Religião e Teologia seguirá sendo exclusivamente orientada para a abordagem laica, plural e acadêmico-científica do fenômeno religioso e das teologias e, portanto, sem qualquer viés proselitista e apologético.
Felizmente, expressiva maioria dos Sistemas de Educação, acompanhando o disposto na Lei de Diretrizes e Bases da Educação, reconhece desta forma a oferta do Ensino Religioso.