O Programa Jovens Pesquisadores é uma das maneiras como a FAPESP procura fortalecer o sistema estadual de pesquisa. Podem inscrever-se para seleção no programa pesquisadores doutores com ou sem vínculo empregatício e, preferencialmente, os interessados em desenvolver seu trabalho em instituição que não tenha tradição de pesquisa na área do projeto de pesquisa apresentado. O programa permite também o investimento na infraestrutura de pesquisa desses centros emergentes, visando viabilizar o desenvolvimento dos projetos aprovados.
Como a finalidade do programa é possibilitar a criação adequada de oportunidade de trabalho para jovem pesquisador ou grupo de jovens pesquisadores de grande potencial, de preferência em centros emergentes de pesquisa, a FAPESP exige como contrapartida que a instituição na qual se desenvolverá o projeto se comprometa com as suas metas, oferecendo condições adequadas de espaço, infraestrutura, tempo de dedicação à pesquisa, pessoal de apoio técnico e administrativo e liberdade de recrutar estudantes para o projeto. Para os pesquisadores com vínculo empregatício com a instituição, o apoio é na modalidade auxílio à pesquisa. Àqueles sem vínculo, adiciona-se a concessão de bolsa.