Em 1759, depois de dois séculos dedicados ao ensino e à missionação em Portugal, no Brasil e no Oriente, os jesuítas foram expulsos do império português. Como se sabe, a expulsão dos territórios portugueses marcou de forma indelével a história da Companhia de Jesus, influenciando em grande medida a expulsão dos jesuítas de outros países europeus e a supressão universal da ordem em 1773. Apesar da restauração oficial ter sido proclamada em 1814, os jesuítas só regressaram efetivamente a Portugal e ao Brasil alguns anos mais tarde. Aliás, quando o anúncio da restauração da Companhia de Jesus chegou ao Rio de Janeiro, onde a família real e a corte se encontravam desde 1808, o marquês de Aguiar, então Secretário de Estado dos Negócios Estrangeiros e da Guerra, logo emitiu um ofício rejeitando a bula Sollicitudo omnium eccleasiarum, promulgada por Pio VII
em Agosto de 1814.
No caso português, houve duas tentativas de restauração da Companhia de Jesus no século XIX. A pedido do rei D. Miguel, foi fundada em 1829 uma pequena missão de jesuítas franceses chefiada pelo Padre Philippe Delvaux (1787-1865), mas com o final das guerras liberais em 1834, os jesuítas foram expulsos do país. A chegada do Padre Carlos Rademaker (1828-1885) em 1858, foi o primeiro passo para a restauração oficial da Companhia de Jesus.
Informalmente restabelecida neste ano, a Companhia de Jesus foi oficialmente restaurada como missão em 1863 e como província em 1880. Entre 1858 e 1910, os jesuítas portugueses fundaram e dirigiram importantes instituições de ensino e casas de formação religiosa, tendo-se destacado, neste contexto, o Colégio de Campolide, em Lisboa, pelo seu papel na educação secundária da alta burguesia e aristocracia lisboetas, e o Colégio de São Fiel, em Louriçal do Campo, que foi o berço da revista científica Brotéria, a revista dos jesuítas portugueses dedicada à taxonomia animal e vegetal. Entre 1858 e 1910, a rede de colégios e casas de formação religiosa em Portugal, África e Oriente foi-se expandindo, e a ação dos jesuítas foi-se tornando cada vez mais notória. Com a implantação da república em Outubro de 1910, a Companhia de Jesus e as demais ordens religiosas foram expulsas do país. Nesta altura, a Província Portuguesa era constituída por 360 membros, e os jesuítas eram responsáveis pelo ensino de mais de 4000 alunos em Portugal, Índia, África Oriental, Macau e Timor.