Naufrágios nos traz uma história ambientada no Japão Medieval. Acontece numa vila de pescadores, composta de dezessete precárias casinhas, fincadas na encosta de uma montanha.

Eles tem, como fonte de sustento, o pouco que conseguem cultivar no terreno pedregoso, o que colhem na floresta subindo a montanha, a pesca e a produção de sal (feita na pequena faixa de areia disponível), que trocam por grãos na aldeia vizinha (há três dias de viagem), juntamente com o excedente da pesca.
Mesmo vivendo sob extrema privação, isso não é o suficiente para alimentar a todos, e os chefes de família encontram duas alternativas, ambas extremas: vendem a si mesmos, ou a um membro da família em servidão (por três, cinco ou até dez anos), na troca de grãos que permitam ao restante da família sobreviver, e realizam o ritual "O-fune-sama" todos os anos, torcendo para que esse funcione.
Para atrair O-fune-sama, além do ritual, os aldeões fabricam o sal na areia da praia à noite, acendendo imensas fogueiras, a fim de que os barcos, atingidos pelas tempestades, se orientem pela luz do fogo indo em direção à costa, e tenham seus cascos rasgados nos recifes. A partir daí ocorre a pilhagem de toda a carga e madeira disponíveis e a partilha justa entre toda a aldeia.
O livro é narrado em terceira pessoa, os acontecimentos sob o ponto de vista de Isaku, um menino de 9 anos, que teve o seu pai vendido em servidão. Ele precisa agir como um homem, para ajudar a sua família a sobreviver em condições tão precárias. Precisa entender sozinho as tradições que o rodeiam, e aperfeiçoar suas técnicas de pescaria, mesmo sem ter o pai por perto para lhe ensinar.
Através dos olhos de Isaku, vemos as montanhas mudarem de cor durante a passagem das estações do ano, os diferentes cardumes que predominam em cada período de pesca, os tipos de insetos que aparecem conforme a época correta. Presenciamos rituais de nascimento, morte, casamentos e equinócios.